Греческий монастырь (другое название – Екатерининский) возник в 1748 году и был основан греческими колонистами. Обитель неоднократно меняла свое «место жительства», окончательно она разместилась в районе Контрактовой площади столицы. В 1739-1741 годах здесь стоял каменный храм в стиле барокко.
Изначально старая древняя греческая церковь святой Екатерины находилась неподалеку от старого рынка. При содействии игумена Преображенского монастыря Синайской горы Евгения и преосвященного Рафаила Заборовского греки в 1738 — 40-х гг. получили указ о постройке каменного храма. Построенный монастырь в народе прозвали «греческим подворьем». Обитель св. Екатерины была перенесена в здание упраздненного Петропавловского монастыря (до этого здесь находился первый в Киеве католический костел) в 1787 г. Так монастырь святых Петра и Павла был переименован в монастырь святой Екатерины.
После большого пожара на Подоле, который случился в 1811 году, Екатерининский монастырь был одной из тех немногих построек, что уцелели. Правда, большая часть построек все же пришла в негодность. После этих трагических событий обитель «поменяла свою прописку», она заняла место на Контрактовой площади.
Во второй половине 18 века по проекту архитектора И. Г. Григоровича-Барского на территории монастыря возвели жилые корпуса и колокольню. В 1915 они были отстроены заново (архитекторы Л. Эйснер и Ф. И. Лидваль), здания решены в стиле классицизма. 
После событий Октябрьской революции Екатерининский монастырь находился на грани уничтожения. Церковь Петра и Павла, которая была закрыта в 20-х годах прошлого столетия, сначала хотели использовать в качестве хранилища Центрального архива Украины, в 1935 году ее разобрали. Большое здание греческого храма отвели под выставку достижений советской промышленности.
Сегодня в обновленном здании Греческого монастыря располагается Национальный банк. Однако три раза в неделю здесь все еще проходят службы.